Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist verzweigt und verbunden mit dem Ablauf der Stadt selbst. Im 16. Zeitalter erlebte Lyon eine Periode des Calvinismus, wobei etliche Händler und geistige Persönlichkeiten sich dem neuen Gedanken zuwandten. Diese erste Präsenz führte zu einer aktiven reformierten Versammlung, die jedoch auch erhebliche D